По мнению Минфина России отсутствие оригинала договора - не помеха для вычета НДС с перечисленной предоплаты
22 июня 2018
Чтобы принять к вычету НДС с предоплаты, которую вы перечислили продавцу, не обязательно иметь оригиналы договора и приложения к нему с условием о предоплате.
Письмо Минфина России от 18.05.2018 № 03-07-09/33573